本书主要内容包括:生物信息数据库与软件搜集、数据库的检索、利用BLAST进行序列相似性比对、多序列对位排列——Clustal分析、分子进化分析——系统进化树的构建等。
《生物信息学》是人类基因组计划完成后,伴随测序技术的快速发展,基因组、转录组等各种组学相继开展研究,使得越来越多的核苷酸序列、氨基酸序列、生物大分子的结构等生物分子信息数据呈指数增长,大量生物数据库及生物软件的增长也越来越快,因此生物信息学成为21世纪生命科学的核心课程。生
物信息学是一个学科领域含着基因组信息的获取、处理、存储、分配、分析和解释的所有方面,是把基因组DNA序列信息分析作为源头,破译隐藏在DNA序列中的遗传语言,是非编码区的结能,同时在发现了新基因信息之行蛋白质空间结构模拟和预测逐渐成为研究热点。21世纪生命科学研究领域,海量的生物学数据快速大量积累,而对于生命科学领域的研究或技术人员来说,运用生物信息学工具从海量的生物数据中挖掘信息及发现新知识已成为亟需掌握的技能。
本书共设计了10个实验。章为绪论,主要介绍生物信息学发展的历史及在未来生命科学研究中的作用;第二章介绍常用的生物信息学数据库,讲述核酸序列数据库、蛋白质序列数据库和蛋白质结构数据库以及典型数据库的格式和使用方法;第三章主要介绍数据检索的原理及方法;第四章主要介绍核酸和蛋白质序列的比对方法及应用,着重讲述双序列比对的原理和常用工具:第五章和第六章主要介绍多序列比对的原理和常用工具括Clhustal 工具及利用Mega软行系谱分析;第七章和第八章主要介绍基因组注释及基因结构分析的主要内容、方法及工具;第九章和第十章则分别介绍从蛋白质序列分析其基本理化性质、结能的方法及其在研究中的应用;第十一章主要介绍核酸序列的分析括核酸序列的拼接及编辑,设计引物及克隆软件等
本书得到了国家专业(生物技术)和塔里木大学专业(应用生物科学)建设项目的资助,在此表示感谢!本书借鉴和参考了多位同行的有关书籍、文献,在此谨向参考资料的有关作者致以诚挚的谢意!由于时间和水平有限,书中难免存在疏漏和不足之处,敬请不吝指正。
罗晓霞:博士,教授,就职于塔里木大学生命科学与技术学院,生物信息学专业负责人。全国分子微生物及生物工程专业委员会委员,微生物学会常务理事。现从事微生物资源及其次级代谢产物的挖掘研究。先后主持完成国家自然科学青年项目一项;兵团博士项目1项;塔里木大学校长1项;上海交通大学微生物代谢国家实验室开放课题一项。主持兵团中青年领才项目1项;参与完成国家973计划项目1项,排名第4;参与完成国家863计划项目1项,排名第3;获兵团科步奖,排名第3;获塔里木大学科步,排名第3;文12篇,期中SCI收录10篇。指导完大学生创新项目3项,指导大学生“挑战杯”竞赛全国1次,兵团2次;自治区“微生物学”教学团队的骨,主要承担生物信息学,发酵工程,现代微生物生物技术,高级微生物等课程的教学任务,参与出版专著1部,出版教材1部,获塔里木大学优秀教材。
第一章绪论
第二章生物信息数据库与软件搜索
第三章数据库的检索
第四章利用BLAS行序列相似性比对
第五章多序列对位排列——Clustal分析
第六章分化分析——系化树的构建
第七章 基因预测
第八章 基因精细结构的预测
第九章蛋白质一级结构的预测
第十章蛋白质高级结构的预测
第十一章核酸序列的其他分析